Supersalud responde al informe de la Contraloría: plan correctivo y controversia sobre la crisis de la Nueva EPS

La Superintendencia Nacional de Salud (Supersalud) reaccionó este 15 de septiembre de 2025 al informe de la Contraloría General de la República que presenta una crisis financiera y administrativa crítica en la Nueva EPS, la entidad de aseguramiento con más usuarios del país. Supersalud manifestó discrepancias sobre algunas de las conclusiones del ente de control, pero también reconoció hallazgos que ya estaban bajo análisis. 

Hallazgos de la Contraloría que encendieron alarmas

El informe preliminar de la Contraloría, basado en una operación de policía judicial ejecutada en julio de 2025, identificó irregularidades administrativas, fallas en la contratación, operaciones facturadas sin certificar, facturas sin auditar, anticipos pendientes por legalizar, duplicaciones en facturas, deudas enormes con prestadores, y reservas técnicas subestimadas. 

Entre los datos llamativos:

• Anticipos pendientes por legalizar que pasaron de $3,4 billones en 2023 a $8,6 billones en 2024, alcanzando los $15,27 billones para junio de 2025.
• 22,7 millones de facturas sin auditar, con un valor de $22,1 billones, de los cuales tras eliminar duplicados quedarían $13,2 billones vigilados para procesar. 
• Cuentas por pagar acumuladas (corte a marzo 2025) por $21,37 billones.
• Deficiencias en las reservas técnicas estimadas, faltantes de soporte documental, sistemas de información débiles.

El superintendente Giovanny Rubiano García, se defendió señalando que muchos de los montos que la Contraloría identifica como “anticipos” en realidad corresponden a pagos por servicios ya prestados, pero que no han sido formalmente vinculados a facturas específicas.

Rubiano explicó que no identificar oportunamente a cuál factura correspondía un pago no lo convierte en anticipo, y ordenó que se firmen actas con los prestadores para aclarar esa imputación. También aclaró que solo una pequeña parte de los pagos se podrían considerar como anticipos reales, en particular contratos de baja complejidad tipo “bolsa” con IPS.

Medidas y plan correctivo ordenadas a la Nueva EPS

Para remediar la situación, Supersalud ordenó varios planes:

• Reuniones intensivas con prestadores de salud en todo el país para firmar actas que definan formalmente a qué facturas se van a imputar los pagos existentes.
• Mejora de los sistemas de información financiera y contable; fortalecimiento del uso de plataformas como Factramed, para aumentar la trazabilidad de los pagos y facturas.
  
• Auditorías médicas más rigurosas y controles internos reforzados para evitar represamientos (demoras) y pagos de factura sin respaldo documental.

Principales puntos de discrepancia técnica entre entidades de control

• Supersalud critica la interpretación de “anticipo” usada por la Contraloría, apuntando que no todos los recursos reportados como anticipos cumplen esa caracterización técnica.
• Se señala también que la Contraloría omitió algunos contextos: la debilidad de los sistemas de información de Nueva EPS que no permitían hacer seguimiento contable oportuno, la intervención vigente que busca corregir esos vacíos, etc.
• Diferencia en los tiempos: Supersalud asegura que los hallazgos ya vienen siendo trabajados desde agosto como parte de la intervención; la Contraloría los expone públicamente ahora.

Riesgos para los afiliados y para el sistema de salud en general

• Los afiliados podrían verse afectados si los problemas de liquidez impiden pagos oportunos a prestadores, lo que puede derivar en demoras en la atención, menor calidad, o incluso cierre de servicios en regiones.
  
• Hay un riesgo de deterioro reputacional de la Nueva EPS, lo que puede afectar la confianza de los ciudadanos en el sistema asegurador.
  
• A nivel estructural, si no se estabiliza la EPS más grande del país, podría generarse un efecto cascada en el financiamiento y operatividad de prestadores de salud de todo el país.
  
• También se debate la responsabilidad fiscal, contable y legal de los exdirectivos que no soportaron cuentas correctamente o permitieron duplicaciones o pagos sin respaldo.

La respuesta de Supersalud pone énfasis en que muchos de los problemas detectados por la Contraloría no son sorpresivos, sino ya identificados, y que el asunto clave radica en la imputación contable (a qué factura corresponde cada pago). El plan correctivo ordenado busca cerrar esas brechas. Pero la urgencia es real: si no se logra transparencia, claridad contable y cumplimiento administrativo, los riesgos financieros y operativos podrían escalar, afectando a millones de colombianos que dependen de la Nueva EPS.

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